Sakura, de catorce años, comienza la secundaria con sus amigos, incluido Syaoran, que acaba de regresar a Tomoeda. Después de tener un sueño con una misteriosa figura envuelta en una capa, todas las cartas de Sakura se vuelven en blanco y se vuelven impotentes, así ella comienza su búsqueda para descubrir qué está mal. Al hacerlo, Sakura y sus aliados descubren y capturan nuevas tarjetas transparentes utilizando una nueva clave.