La historia principal sigue a Naruto y al crecimiento individual de sus amigos, junto a su desarrollo como ninja. Además, se centra en las interacciones entre éstos y la influencia del entorno en sus personalidades. Conforme transcurre la serie, Naruto se relaciona con Sasuke y Sakura, con quienes conforma el «Equipo 7» junto a su sensei Kakashi Hatake.