Eyeshield 21 cuenta la historia de un chico llamado Sena Kobayakawa, un joven que no destaca mucho, y que muchas veces es maltratado por sus compañeros, lo que le ha dado una gran habilidad en sus piernas, ya que para escapar del abuso puede correr a gran velocidad. Después de presentar su examen de admisión, Sena entra a la preparatoria Deimon, junto con su amiga de la infancia y protectora Mamori Anezaki.