Mashiro-iro nos cuenta la historia de un chico llamado Uryu Shingo quien asiste a una escuela exclusiva para hombres y es elegido como representante para ser transferido al Instituto Yuihime (una escuela exclusiva para chicas) con el fin de que ambas instituciones puedan unirse y formar una escuela mixta. Pero algunas chicas del Instituto Yuihime se rehúsan a la fusión por lo que Shingo y otros elegidos de su escuela deberán encargarse de hacerlas cambiar de opinión. A lo largo de esta historia, Shingo conocerá nuevas amigas e intentara que exista una mutua cooperación entre alumnos de ambos sexos.12