Despues de lo sucesos de la primera entrega, ahora hay nuevos Denpa-Virus en el Planeta aparentemente causados por unas raras piedras de una civilizacion antigua llamada Mu, Esta ves Subaru y War-Rock deben evitar que esta civilizacion y su Dios Denpa se apoderen del mundo donde habitan usando los poderes de la Ooparts y Enfrentando nuevos enemigos.