Hei y Yin han estado huyendo después de traicionar al Sindicato en la temporada pasada. Después de dejar Japón, Hei se encuentra con Suou Pavlichenko, una niña Euroasiática de 13 años que se ha visto envuelta en la guerra y políticas de varias facciones y Contratistas que compiten por el poder. Mientras tanto en Tokio continúa de pie Hell’s Gate (La Puerta del Infierno), después de que Hei intentara detener la activación de el arma de partículas anti-Gate Anillo de Saturno. Aunque los Contratistas están fuera de peligro de que sus existencias sean eliminadas, esto no evita que antiguos y nuevos Contratistas abusen de su poder. Mientras que Misaki Kirihara y su equipo en el Buró Público de Seguridad lidian con los casos de Contratistas que aumentan, ella también tiene que mantener al Sindicato a distancia, ya que tienen altos puestos dentro de la policía Japonesa y en Oficinas de Inteligencia alrededor del mundo.