La Desaparición de Yuki Nagato, es un manga spin-off, creado por Puyo, de las novelas de Haruhi Suzumiya, de Nagaru Tanigawa. Está situado en el universo paralelo donde se desarrolló la historia de La Desaparición de Haruhi Suzumiya.

La historia se centra en Yuki Nagato, la tímida Presidenta del Club de Literatura. Su timidez la hace algo insegura estando con otras personas, y con Kyon, el único hombre de los tres integrantes del Club, todo se complica más.
A Yuki y Kyon los acompañaran los conocidos personajes de la obra original: Ryouko Asakura, Haruhi Suzumiya, Itsuki Koizumi, Mikuru Asahina y Tsuruya, entre otros. Aunque en este caso, solo son simples adolescentes.
Yuki debe encontrar esa confianza que necesita y hacer brillar su personalidad, por el bien de su preciado club, y para su deseada relación con Kyon.