Sahashi Minato ha fallado el examen de ingreso a la Universidad dos veces, no es muy popular con las mujeres y esta desempleado. Un día, Minato se encuentra con una chica llamada Musubi, que literalmente le cae del cielo.
Minato pronto aprende que él es un Ashikabi, un ser humano con genes especiales que le permite asociarse con Sekireis. Las Sekireis son seres super-dotados, creados por la misteriosa corporación MBI. Las Sekireis pueden ser chicas lindas, mujeres maduras, hasta chicos bishounen. Las Sekireis deben entrar en una lucha o competencia denominada «Plan Sekirei». Con toda la ciudad de Tokio como el campo de batalla, las Sekireis deben buscar a los seres humanos que son destinados a convertirse en su Ashikabi. Minato pronto aprende que ser el socio de una bella muchacha no es todo diversión y juegos, sobre todo cuando descubre que un Ashikabi puede tener más de una Sekirei pareja, y ahí es donde lo mejor comienza.