La trama principal se centra en Harudori Tsugumi, una joven estudiante japonesa, que cuando descubre que es un arma, decide asistir la Escuela Shibusen para aprender a controlar sus poderes, allí se encuentra con Anya, Meme y todos sus compañeros de escuela. A diferencia de la historia original de Soul Eater, hay muy poca acción, y la mayor parte de la historia hasta ahora ha sido sobre la vida de internado en la academia, desarrollada en el mundo de Soul Eater.