Este anime está basado en los primeros siete tomos del manga original creado por Kazuki Takahashi en 1996 publicado por primera vez en la revista Shōnen Jump. Comienza cuando Yugi Muto completa El Rompecabezas del Milenio liberando el alma del faraón (Yami Yugi o Atem) quién hasta entonces se encontraba sellado dentro de él. Contiene las muchas de las historias que no aparecen en la siguiente versión. Cuenta cómo Yugi y Anzu Mazaki (Téa) se hicieron amigos de Katsuya Jōnouchi (“Joey”), Hiroto Honda (Tristán) y Miho Nosaka.