Tras los acontecimientos de Koimonogatari, volvemos al nada común día a día de Koyomi Araragi, que seguirá involucrado en experiencias sobrenaturales teniendo esta vez una la tragedia que se prevee. Mientras tanto, en la isla, la nueva generación de pilotos la defiende con uñas y dientes del asedio de los Festum y comienzan a sufrir las consecuencias de usar unos Fafner tan poderosos: todos están mutando de alguna manera. ¿Perderán su humanidad a este paso o lograrán encontrar la esperanza que todos anhelan?