La serie se enfoca en Lan Hikari y su compañero Net Navi, MegaMan. Ellos van construyendo a lo largo de la serie una sólida amistad, mientras defienden la Net de diversas organizaciones criminales. Pero Lan y MegaMan no están solos, cuentan con la ayuda de Maylu Sakurai, Dex Ogregon, Yai Ayano y Tory Froid, así como sus respectivos Net Navis: Roll, GutsMan, Glide e IceMan.