Lo único que Yūki recuerda de su infancia es que a los 5 años, perdida en el invierno, fue atacada por un vampiro fuera de control, situación de la que la rescató otro vampiro, Kaname Kuran. Él la llevó con Kaien Cross, quien se convierte en su padre adoptivo y más adelante, en el director de la Academia Privada Cross. Sin embargo, la academia de élite oculta un secreto: los alumnos de la Clase nocturna son en realidad vampiros. El director y Kaname creen que es posible una convivencia pacífica de humanos y estos; así pues, Yuuki, junto con otro estudiante de nombre Zero Kiryuu, deberán ser guardianes de este secreto y procurar que la Clase diurna nunca se entere de la naturaleza de la otra.